В 1993 году Гор пришел в компанию «Тройка Диалог» и стоял у истоков ее создания. В 2001–2003 годах участвовал в проекте по приобретению и реструктуризации ОАО «Росгосстрах». До февраля 2013 года Нахапетян занимал должность руководителя аппарата президента, управляющего директора Sberbank CIB (до октября 2012 года — «Тройка Диалог»). С февраля по сентябрь 2013 года Гор Нахапетян занимал позицию вице-президента Сбербанка. С 2006 по 2013 год являлся членом Координационного совета Московской школы управления СКОЛКОВО, а также председателем Комитета по кадрам и этике.В настоящее время – член Попечительского Совета московского Мультимедиа Арт Музея, член совета директоров Ameriabank, cоучредитель Благотворительного фонда «Друзья» и председатель совета директоров «Корпорации Роботов».